Universitas ini kali pertama dikenal dengan nama Universitas Islam (UNIS) pada tahun 1964. Namun, oleh karena perubahan situasi dan peraturan pendidikan nasional turut mempengaruhi perjalanan universitas ini dalam kurun tahun 1987, sehingga harus berganti nama menjadi Perguruan Tinggi Islam Alkhairaat disingkat (PTIA). Hingga pada tahun 1989 universitas ini dikenal dengan Universitas Alkhairaat, sesuai dengan Surat Keputusan Departemen pendidikan dan Kebudayaan No 0842/O/1989 tanggal 16 Desember Tahun 1989, tentang pendirian Universitas Alkhairaat.